Les problèmes avec sous-répertoires m'ont amener vers cook, qui permet de tout faire avec un seul Howto.cook. Au cas où, j'indique juste l'option -d de make (gnu make) qui donne pas mal d'informations et permet de detecter des objets mal formulés et autres choses qui (m') arrivent (aient) dans des projets avec sous-répertoires.